本日(10月6日)共有15航線(國內12航線、兩岸3航線)，計140航次停航(國內120航次、兩岸20航次)：
1.基隆-馬祖：全部停航(4航次)
2.馬祖福澳-福州琅岐：全部停航(2航次)
3.北竿白沙-福州黃岐：全部停航(2航次)
4.南竿-莒光：全部停航(6航次)
5.南竿-東引：全部停航(2航次)
6.南竿-北竿：全部停航(22航次)
7.金門--五通: 全部停航(16航次)
8.布袋-馬公：全部停航(4航次)
9.臺南將軍漁港-澎湖東吉漁港：全部停航(2航次)
10.東港-小琉球：全部停航(52航次)
11.鹽埔-小琉球：全部停航(14航次)
12.綠島-蘭嶼：全部停航(1航次)
13.富岡-綠島：部分停航(開航5航次，停航3航次)
14.富岡-蘭嶼：全部停航(6航次)
15.後壁湖-蘭嶼：全部停航(4航次)
